[부가가치세법]의약품 보관 및 운송에 대한 영세율여부 판단

안녕하세요

 

 

 

바른세무회계 정 동 호 세무사입니다.

 

 

 

쟁점 용역의 영세율여부에 대한 판단입니다. 사업지원서비스업인지, 보관 및 운송업인지에 대한 판단으로

 

[ 제 목 ]

쟁점용역을 공급하는 사업은 ‘보관 및 창고업’에 해당함 ​

[ 요 지 ]

청구법인은 의약품 보관 및 도・소매 등 물류업을 주업으로 하고 있고, 쟁점용역은 주로 임상의약품의 입고, 보관, 출고, 배송, 회수, 폐기로 이루어지고, 동 용역의 주요한 목적은 임상시험에 사용되는 의약품의 보관과 운송이며, 그 외에 추가되는 작업들은 일반적으로 제공되는 부수적인 서비스에 불과한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움 ​

[ 결정내용 ]

“결정내용은 붙임과 같습니다.” ​ ​

 

주 문

 

심판청구를 기각한다.

 

 

 

이 유

 

 

 

1. 처분개요

 

 

 

가. 청구법인은 1997.1.15. 설립되어 OOO 소재 OOO가 100% 지분을 보유하고 있는 법인으로 의약품 및 의료용구의 창고업, 의약품 도매업을 영위하고 있고, 청구법인의 국외특수관계자인 OOO(이하 “OOO”이라 한다)는 다국적 제약사 또는 임상시험수탁기관(이하 다국적 제약사와 합쳐서 “의뢰자등”이라 한다)과 ‘임상시험 의약품 유통 및 보관 서비스 계약’을 체결하여 관련 서비스를 제공하고 있으며,

 

 

 

(1) 임상시험이 국내에서 진행되는 경우, 청구법인은 OOO와의 ‘임상시험 의약품 관리 서비스 계약’에 따라 국내에서의 임상의약품의 보관, 관리, 배송, 수거 및 폐기, 관련문서 및 데이터 보관 등의 서비스(이하 “쟁점용역”이라 한다)를 제공하고, 그 대금을 OOO에게 청구하여 외국환은행에서 원화로 수취하였으며, 쟁점용역 공급에 대하여 국내에서 국내사업장이 없는 외국법인에게 ‘사업지원 서비스업’에 해당하는 용역을 공급한 것으로 보아 「부가가치세법」 제24조 및 같은 법 시행령 제33조 제2항 제1호 아목에 따라 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였고,

 

 

 

(2) 의뢰자등이 OOO에게 국내수행 임상시험과 관련하여 대조의약품 용도로 사용할 국내 시판 일반의약품 및 소모품 등(이하 “쟁점의약품등”이라 한다)의 구매를 요청하면 OOO는 청구법인에게 구매를 요청하고, 청구법인은 쟁점의약품등을 구매하여 OOO가 지정하는 국내 의료기관 등에 인도한 후, 그 대금은 쟁점용역 대금과는 별도로 구분하여 OOO에게 청구하여 외국환은행에서 원화로 수취하였으며, 쟁점의약품등의 공급에 대하여 외국법인(OOO)이 지정하는 국내사업자에게 인도되는 재화로서 해당 사업자의 과세사업에 사용되는 재화를 국내에서 국내사업장이 없는 외국법인(OOO)에게 공급한 것으로 보아 「부가가치세법」 제24조 및 같은 법 시행령 제33조 제2항 제1호 가목에 따라 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였다.

 

 

 

나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 2012〜2016사업연도 법인사업자 통합조사를 실시한 결과,

 

 

 

(1) 쟁점용역의 공급은 '사업지원서비스업'이 아닌 ‘보관 및 창고업’에 해당하는 용역을 공급한 것으로서 「부가가치세법 시행령」 제33조 제2항 제1호 아목의 영세율 적용대상에 해당하지 아니한다고 보아 영세율 적용을 배제하여야 하고,

 

 

 

(2) 쟁점의약품등의 공급에 대해서는, 2014.3.17. 이전에 계약을 체결하고 제공하는 임상시험용역은 부가가치세 과세사업에 해당하지 아니하므로 2014.3.17. 이전에 계약을 체결한 임상시험용역을 제공하는 의료기관에게 공급한 쟁점의약품등은 「부가가치세법 시행령」제33조 제1항 제1호 가목의 영세율 적용 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 영세율 적용을 배제하도록 처분청에 과세자료를 통보하였으며,

 

 

 

이에 따라 처분청은 2018.1.8. 청구법인에게 OOO을 각각 경정ㆍ고지하였다.

 

 

 

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.3.28. 및 2018.7.17. 심판청구를 제기하였다.

 

 

 

 

 

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

 

 

 

가. 청구인 주장

 

 

 

1) 쟁점용역은 ① 임상시험에 필요한 의약품에 대하여 국내에 반입되면서부터 폐기될 때까지 필요한 관리 서비스, ② 계약에 따라 의뢰자등이 요청하여 임상시험에 사용되는 대조의약품 제공, ③ 통상 3년 이상 소요되는 임상시험 기간 동안 필요한 관련 기록의 보관ㆍ제공 등 통합적인 서비스로서 한국표준산업분류에 따른 주된 산업활동을 고려할 때 사업지원서비스업에 해당함에도 이를 단순한 보관 및 창고업으로 보아 영세율 적용을 배제하고 부가가치세를 과세한 처분은 위법하다.

 

 

 

(가) 한국표준산업분류의 ‘분류 기준’ 중 산출물의 특성 관점에서 주된 산업활동을 판단해볼 때 당사가 수행하는 수탁업무의 사업목적(산출물의 기능 및 용도)은 임상시험을 원활하게 수행할 수 있도록 지원하는 것이고, 서비스 수혜자(산출물의 수요처)는 의뢰자등에 국한되므로 의약품 유통을 목적으로 하는 도매사업, 보관 및 물류업과는 명백히 차이가 있으며, 동 기준 중 투입물의 특성 관점에서 주된 산업활동을 판단해볼 때도 당사가 수행하는 수탁업무의 임상팀 내의 인원 중 임상시험 물류관련 직무에 투입되는 업무 인원의 비중은 45%(물류사업부의 경우 95%)이고, 투입원가 중 물류비 비중은 19%(물류사업부의 경우 86%)이므로, 수탁업무를 수행함에 있어 보관 및 운송과 관련한 투입물의 비중이 낮은 수준이다.

 

 

 

(나) 처분청은 통계청으로부터 청구법인의 수탁업무가 한국표준산업분류 상 창고업 또는 운송업에 해당한다고 회신받았다는 의견이나, 처분청의 질의서에 수탁업무에 대하여 사실관계가 어떻게 기술되었는지 알 수 없고, 수탁업무의 업종 판단 시 쟁점의약품등 거래를 포함하여야 하는지 또는 별도 판단해야 하는지 여부에 대하여 통계청에서 검토 시 고려되었는지 알 수 없는 반면, 청구법인이 수탁업무에 대하여 OOO가 고객사와 체결한 계약서, 청구법인이 OOO와 체결한 쟁점용역계약서, 쟁점의약품등 거래자료 등을 첨부하여 2017.11.15. 통계청에 질의한바, “포괄적 계약에 의해서 타인 사업 지원을 위한 특정되지 않은 각종 서비스를 제공하는 것이 주된 산업활동인 경우 ‘75999 그 외 기타 분류 안 된 사업지원서비스업’으로 분류한다”는 회신을 받았다.

 

 

 

(다) 청구법인은 임상시험 관리기준(「의약품 등의 안전에 관한 규칙」 별표 4)을 적용받는 수탁기관으로서 포괄적 계약에 따라 임상시험지원서비스를 제공하는 것이며 임상의약품의 보관 및 운송 활동은 수탁업무의 일부에 해당하는 것이다. 의약품 임상시험관리기관 중에 “임상시험 수탁기관”은 면허, 허가 등 따로 정한 자격기준이 없으며, 해당 기준을 충족하여 의뢰자등의 업무의 일부를 대행하는 한 의약품 임상시험관리기준 상 “임상시험 수탁기관”에 해당하는 것이지 신약개발 혹은 임상시험 단계 중 특정 연구에 대해 위임을 받아야 할 것을 요건으로 하지 않는다.

 

 

 

(라) 청구법인이 수행하는 다음과 같은 업무의 특성을 고려할 때 수탁업무는 의뢰자등을 위한 사업지원서비스이다.

 

 

 

1) 의약품 임상시험관리기준 및 의뢰자등의 요청에 따라 청구법인은 위탁받은 업무의 계획수립 및 이행 과정에서 프로젝트업무지시서(이하 “DPI”라 한다)를 포함한 각종 문서를 임상시험 번호별로 개별 기록관리할 뿐 아니라 의뢰자등을 위해 관련 문서를 상당 기간 보관해 주는 서비스를 제공하고 있는바, 이는 일반적인 보관 및 물류업자가 수행하는 활동과는 확연히 차이가 있다.

 

 

 

2) 일반적인 보관 및 물류업과 달리 수탁업무는 포괄적 계약에 따라 임상지원서비스를 제공하는 것이므로 요청에 따라 대조의약품 뿐만 아니라 일회용 주사바늘 등 임상시험에 필요한 물품을 구매하여 임상시험실시기관에 제공하는 조달업무를 수행하기도 하며, 대조의약품을 단순히 인도하는 데 그치지 않고 의뢰자등의 요청에 따라 라벨링 작업(임상시험 전용임을 한글로 표시한 라벨을 제작, 부착하는 서비스), 눈가림 작업(의뢰자등이 지정한 방법에 따라 임상시험실시기관 내에서 임상시험에 관여하는 사람 또는 부서 등이 배정된 치료법에 대해 알지 못하도록 하는 작업), 무작위 배정(의뢰자등의 컴퓨터가 발생시킨 난수를 기반으로 개별 시험약에 코드를 부여하고 임상팀은 무작위 배정에 따른 출고업무 수행) 등의 별도 작업을 수행한 후에 제공하기도 한다.

 

 

 

3) 일반의약품 보관시설 및 인력과는 완전히 구별되는 별도의 임상팀이 전담하여 수탁업무를 제공하며, 의약품 임상시험관리기준 상 시설요건을 충족하는 별도의 보관 및 물류시설을 보유하고 있고, 엄격한 품질관리를 위해 담당 인력이 요구되는 교육을 이수하고 있는 점을 볼 때, 청구법인이 수탁업무를 위해 보유한 인적 및 물적 시설은 일반의약품의 유통을 위한 것과 별개이다.

 

 

 

(마) 타 업종 분류사례와 비교 시에도 수탁업무는 사업지원서비스업으로 분류하는 것이 타당하다.

 

 

 

 

 

(2) 임상시험에 사용되는 대조의약품 등은 치료목적으로 병원에 공급하는 재화가 아니므로 병원의 면세사업과 관련하여 공급하는 재화가 아니라 병원의 과세사업과 관련하여 공급하는 재화임이 명백함에도, 법령상 근거도 없이 유권해석에 의존하여 임상시험용역에 대한 부가가치세를 과세하지 아니하였음을 이유로 쟁점의약품등에 대한 영세율 적용을 배제한 처분은 위법하다.

 

 

 

(가) 대조의약품은 도매업자가 치료목적으로 병원에 판매하는 의약품이 아니므로 그 사용목적이 다름을 거래 쌍방이 인지하고 있음에도 불구하고, 임상시험실시기관이 과세로 신고하지 않은 것까지 청구법인의 귀책으로 보아 영세율 적용을 배제하는 것은 불합리하다.

 

 

 

(나) 유권해석일(2014.3.17.) 이후부터 의료기관이 제공하는 임상시험용역을 과세하기로 기준을 삼은 것은 의료기관이 임상시험용역을 과거에 지속적으로 면세로 신고해 왔고, 과세관청에서도 과세한 사례가 없는 점을 고려해 변경된 방식의 과세전환 기준일을 정한 것일 뿐, 당초부터 의료기관의 임상시험용역을 「부가가치세법」 상 면세사업으로 간주한 것은 아니며, 면세사업으로 볼 수 있는 법적 근거도 없다.

 

 

 

(다) 법 규정에 따라 정확하게 세무처리한 납세자에게 다른 납세자와의 과세 형평성을 주장하는 것은 불합리하다.

 

 

 

나. 처분청 의견

 

 

 

(1) 의뢰자등의 지시ㆍ요청에 따라 임상의약품을 보관하고 임상시험실시기관의 임상시험 의약품 관리 담당자에게 운송하는 것을 목적으로 하는 쟁점용역의 주된 산업활동, 투입물과 산출물, 일반물류 사업부와의 물류비 비율 및 고정자산 수준, 청구법인의 업종 인식, 통계청 회신내용 등을 종합적으로 검토하여 판단했을 때 쟁점용역은 ‘보관 및 창고업’임이 명백하므로 청구주장은 이유 없다.

 

 

 

(가) DPI에서 확인할 수 있듯이 쟁점용역은 주로 임상의약품의 입고, 보관, 출고, 배송, 회수, 폐기이며 청구법인이 용역을 제공하는 주요 목적은 임상시험에 사용되는 의약품의 보관과 운송이고, 그 외에 의뢰자등의 요청이 있을 경우 라벨부착작업, 눈가림작업, 키트작업, ‘쟁점의약품등’의 공급 등을 수행하기는 하나, 그러한 부수적인 서비스는 전체 임상의약품 보관량에 비하여 매우 낮은 비율로 이루어지고 있을 뿐만 아니라, 일반적인 의약품 보관 및 창고업을 영위함에 있어서도 일반적으로 부수되는 서비스에 불과하며, 임상시험용 의약품을 제조하는 제조업체들 또한 부수적으로 제공하는 서비스들에 불과한바, 청구법인의 논리대로라면 이들이 모두 ‘사업지원서비스업’을 영위하는 것이 되어 불합리하다.

 

 

 

 

 

(나) 임상시험과 관련된 의약품의 보관, 배송, 수거 및 폐기, 관리, 관련문서 및 기록 보관 등의 활동이 산업분류상 무엇으로 분류되는지에 대한 질의에 대해 통계청에서는 “수수료 또는 계약에 의하여 임상시험과 관련된 의약품 보관 및 배송이 주된 산업활동인 경우 운수 및 창고업으로 분류한다”고 회신하였다.

 

 

 

(다) 청구법인은 제대혈보관서비스, 귀중품 운송서비스, 폐기물 처리서비스 등은 보관 및 운송을 주로 수행함에도 보관 및 운송업이 아니므로, 생명과도 직결되는 임상시험 의약품에 대한 보관 및 배송도 단순 보관 및 운송업이 아닌 임상시험사업지원서비스업으로 분류되어야 한다고 주장하나, 제대혈보관서비스는 제대혈 채취 및 검사 시 의료행위를 하게 되고 제대혈 검사를 통해 인간에게 사용 적합한 제대혈만을 선별하여 보관하는 등 주된 활동이 의료행위이므로 기타보건업으로 분류되는 것이고, 귀중품 운송업도 운반 중에 있는 귀중품 등에 대하여 위험발생을 방지하는 업무, 즉 경비서비스가 주된 활동이므로 경호업에 해당하는 것이며, 폐기물 운송서비스 또한 단순 운송이 아닌 폐기물 수집이 주된 활동이므로 폐기물처리업으로 분류되는 것인 반면, 쟁점용역의 주된 산업활동은 임상의약품 ‘보관 및 운송’이며, 귀중품 운송서비스, 폐기물 운송서비스, 제대혈 보관서비스와는 달리 ‘보관 및 운송’보다 더 주된 활동이라고 볼 수 있는 다른 활동이 없다.

 

 

 

(라) 청구인은 일반 의약품에 비하여 까다로운 입출고 절차를 거치고, 문서관리에도 많은 인력을 투입하므로, 단순 보관 및 운송활동이 아닌 임상시험 지원이라고 주장하나, 수행활동의 관리수준에 따라 업종을 달리할 수는 없다. 예를 들어, 저가의 생필품 등에 대한 보관 및 운송활동을 한다면 일반의약품 보관 및 운송 시 준수해야 하는 우수의약품유통관리기준에 규정하는 보관소ㆍ기계설비관리, 문서의 작성, 문서의 관리, 입출고관리, 운송관리, 품질관리 등의 관리수준보다 훨씬 낮은 수준으로 보관 및 운송 활동을 하게 되는데, 청구인의 논리대로 관리수준에 따라 업종을 달리해야 한다면, 저가의 생필품 보관 및 운송활동보다 훨씬 더 많은 절차와 규정을 준수해야 하는 일반 의약품 운송도 의료사업지원서비스에 해당되어야 하고, 반대로, 위험물 운송 및 보관 등에 관하여서는 보관 및 운송에 대하여 「위험물운반에 관한 기준」, 「제조소 등에서의 위험물의 저장 및 취급에 관한 기준」등에 보관장소, 보관방법, 보관시설, 운반용기, 적재방법, 온도기준 등을 의약품보다도 훨씬 더 엄격하게 관리하고 기록하도록 규정하고 있음에도 불구하고 한국표준산업분류에서는 이를 보관업으로 분류하고 있다. 따라서 보관 및 운송활동의 관리수준에 따라서 업종을 달리할 수 없는 것이다.

 

 

 

(마) 청구법인은 쟁점용역계약이 포괄적인 계약이고, 쟁점의약품등의 공급이 쟁점용역에 포함되어야 한다고 주장하나, 쟁점의약품등이 공급된 건은 전체 계약 건 중 극히 일부에 불과하여 쟁점의약품등이 쟁점용역에 필수적으로 부수되는 재화로서 공급된 것으로 볼 수 없고, 쟁점의약품등의 공급대가는 쟁점용역의 공급대가와는 별도로 청구ㆍ지급되므로 쟁점용역의 공급에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화에도 해당하지 아니하며, 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 용역의 공급에 부수하여 공급된다고도 볼 수 없다. 또한, 쟁점의약품등이 일시적ㆍ우발적으로 공급되는 재화도 아닐 뿐만 아니라, 청구법인은 의약품 도매업자로서 쟁점의약품등의 공급에 대하여 도매업자의 책임을 부담하고 마진을 취하는 것으로 단순 구매대행서비스로 볼 수 없는바, 쟁점의약품등은 청구법인의 의약품 도매업의 일환으로 제공된 것으로 봄이 타당하다.

 

 

 

(바) 사업자가 고객과 용역계약을 체결하고 그 용역계약과 관련되기는 하지만 필수적으로 부수되지 않는 재화를 공급하는 경우와 재화만을 공급하는 경우가 업종이 달리 적용된다면 부가가치세 과세에 있어 형평성의 문제 또한 발생할 수 있다.

 

 

 

(사) 임상팀 내에서 물류관련 직무에 투입되는 인원의 비중은 45%라고 주장하나 고객과의 커뮤니케이션을 통해 DPI 관련 작업, 배송관련 주문 수령, 배송 시 전달되어야 할 주문서 등에 대한 문서작업에 투입되는 인원을 물류관련 직무에서 제외하는 것은 불합리하다. DPI 및 주문서의 내용은 거의 대부분 임상의약품의 입고, 출고, 보관, 운송에 대한 내용이며 이를 위한 고객과의 커뮤니케이션, 관련 기록 보관 등의 활동은 물류관련 직무에 포함하여야 하므로 폐기 등 극히 일부의 활동을 제외하면 거의 모든 직원이 물류관련 직무에 투입된다고 보아야 한다. 또한 투입원가 중 물류비 비중 계산 시 분모에 쟁점의약품 공급대가를 포함시킴으로써 물류비를 19%라고 주장하나 총 투입원가의 66%에 해당하는 쟁점의약품 공급은 별도의 도매업으로 쟁점용역 물류비 계산 시 제외되어야 하며 극히 일부인 폐기 등의 활동을 제외하면 대부분이 물류비에 해당한다.

 

 

 

(아) 영세율 제도의 일반원칙인 소비지과세원칙에 따라 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 공급하는 재화와 용역 중 국내에서 재화를 소비하거나, 용역을 공급받는 것은 영세율 대상에서 제외된다. 1991.12.31. 「부가가치세법 시행령」 개정 및 2000.12.31. 같은 법 시행령의 개정으로 부동산임대용역은 1992.1.1.이후, 음식 및 숙박용역은 1992.2.29. 이후 영세율 대상에서 제외되었고, 2000.12.31. 이후에는 열거된 업종에만 영세율이 적용되는 것으로 그 적용범위를 축소하여 보관 및 창고업, 운송업 등도 영세율 적용이 배제되었는데, 개정취지는 국내에서 소비되는 업종에 대하여 영세율을 적용하는 것은 소비지 과세원칙에 맞지 않고 내ㆍ외국인 차별과세 등의 문제가 있으므로 과세로 전환한다는 것이다. 이와 같이 보관 및 창고업, 운송업 등 국내에서 소비되는 용역에 대하여 영세율 적용은 엄격하게 제한되어야 하므로 청구법인과 같이 보관 및 운송활동을 주된 활동으로 하고 있음에도 부수적인 활동을 한다거나 보관 및 운송절차가 까다롭게 관리된다는 이유로 영세율을 적용하는 것은 불가능하다.

 

 

 

(2) 유권해석일 이전에 계약이 체결된 임상시험용역에 대해서는 부가가치세가 과세되지 아니하였음이 명백하고, 청구인이 유권해석일 이전에 체결된 임상시험용역과 관련하여 공급한 쟁점의약품등은 과세사업에 해당하지 아니하는 임상시험용역에 사용되는바, 「부가가치세법 시행령」 제33조 제2항 제1호 가목에 해당하지 아니하므로, 청구주장은 이유 없다.

 

 

 

(가) 「부가가치세법 시행령」 제33조 제2항 제1호 가목에 의하여 영세율을 적용받기 위해서 청구인은 의료기관에 공급한 쟁점의약품등이 공급 당시 과세사업에 사용되는지 여부에 대해 확인해야 할 의무가 있고, 의료기관은 유권해석일 이전까지 계약한 임상시험용역에 대해 부가가치세 과세매출로 신고하지 아니하였으므로, 청구인이 과세사업 여부를 확인을 했다면 쟁점의약품등이 과세사업에 사용되지 아니하여 영세율 매출에 해당하지 아니한다는 것을 충분히 알 수 있었으나 청구인은 관련 매출을 사실확인 없이 영세율로 신고하였다.

 

 

 

(나) 임상시험용역은 기획재정부의 유권해석일 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하여 공급하는 분부터 과세를 적용하게 된 것(재부가-341, 2014.5.13.)이고, 유권해석일 이전 최초 계약체결 분 임상시험용역에 대해서는 의료기관이 현재까지도 계산서를 발행하고 있는 것으로 확인되는바, 유권해석일 이전에 의료기관이 임상시험용역계약을 체결하여 공급하는 임상시험용역은 「부가가치세법」상 과세사업에 해당하지 아니하는 것으로 봄이 타당하며, 청구인의 주장대로 유권해석일 이전부터 임상시험 용역이 과세대상이라고 해석하여 임상시험에 사용된 쟁점의약품등에 영세율을 적용한다면, 당초 의료기관이 임상시험용역 매출에 대해 부가가치세 면제로 신고하고 있음을 확인하여 부가가치세 과세표준을 성실하게 신고한 사업자와의 형평성에 문제가 발생한다.

 

 

 

3. 심리 및 판단

 

 

 

가. 쟁점

 

① 쟁점용역을 공급하는 사업이 ‘사업지원서비스업’에 해당하는지 아니면 ‘보관 및 창고업’에 해당하는지 여부

 

 

 

② 2014.3.17. 이전에 계약 체결한 임상시험용역에 사용할 쟁점의약품등을 공급한 것이 영세율 적용대상인지 여부

 

 

 

나. 관련 법령

 

 

 

(1) 부가가치세법

 

 

 

제24조【외화 획득 재화 또는 용역의 공급 등】① 제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

 

3. 그 밖에 외화를 획득하는 재화 또는 용역의 공급으로서 대통령령으로 정하는 경우

 

 

 

제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

 

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

 

 

 

(2) 부가가치세법 시행령

 

 

 

제4조【사업의 구분】① 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다.

 

 

 

제33조【그 밖의 외화 획득 재화 또는 용역 등의 범위】② 법 제24조 제1항 제3호에서 대통령령으로 정하는 경우 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 공급하는 경우를 말한다.

 

1. 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에 공급되는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 사업에 해당하는 용역으로서 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 것

 

가. 비거주자 또는 외국법인이 지정하는 국내사업자에게 인도되는 재화로서 해당 사업자의 과세사업에 사용되는 재화

 

나. 전문, 과학 및 기술 서비스업[수의업(獸醫業), 제조업 회사본부 및 기타 산업 회사본부는 제외한다]

 

다. 임대업 중 무형재산권 임대업

 

라. 통신업

 

마. 컨테이너수리업, 보세구역 내의 보관 및 창고업, 「해운법」에 따른 해운대리점업 및 해운중개업

 

바. 출판, 영상, 방송통신 및 정보서비스업 중 뉴스 제공업, 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(영화관 운영업과 비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 소프트웨어 개발업, 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합관리업, 자료처리, 호스팅, 포털 및 기타 인터넷 정보매개서비스업, 기타 정보 서비스업

 

사. 상품 중개업 중 상품종합 중개업

 

아. 사업시설관리 및 사업지원 서비스업(조경 관리 및 유지 서비스업, 여행사 및 기타 여행보조 서비스업은 제외한다)

 

자. 교육 서비스업(교육지원 서비스업으로 한정한다)

 

차. 그 밖에 가목부터 자목까지의 규정과 유사한 재화 또는 용역으로서 기획재정부령으로 정하는 것

 

 

 

제35조【면세하는 의료보건 용역의 범위】법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」 또는 「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

 

1. 「의료법」에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호사가 제공하는 용역. 다만, 「국민건강보험법」 제41조 제3항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.

 

가. 쌍꺼풀수술

 

나. 코성형수술

 

다. 유방확대ㆍ축소술. 다만, 유방암 수술에 따른 유방 재건술은 제외한다.

 

라. 지방흡인술

 

마. 주름살제거술

 

2. 「의료법」에 따른 접골사(接骨士), 침사(鍼士), 구사(灸士) 또는 안마사가 제공하는 용역

 

3. 「의료기사 등에 관한 법률」에 따른 임상병리사, 방사선사, 물리치료사, 작업치료사, 치과기공사 또는 치과위생사가 제공하는 용역

 

4. 「약사법」에 따른 약사가 제공하는 의약품의 조제용역

 

 

 

(3) 약사법

 

 

 

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 

15. “임상시험”이란 의약품 등의 안전성과 유효성을 증명하기 위하여 사람을 대상으로 해당 약물의 약동(藥動)・약력(藥力)약리・임상적 효과를 확인하고 이상반응을 조사하는 시험을 말한다.

 

 

 

제34조의2【임상시험실시기관 등의 지정 등】① 식품의약품안전처장은 제34조에 따른 임상시험을 실시할 기관(「의료법」에 따른 의료기관에 한정한다. 이하 “임상시험실시기관”이라 한다)과 제34조에 따른 생물학적 동등성시험을 실시할 기관(이하 “생물학적 동등성시험실시기관”이라 한다)을 지정하여야 한다.

 

② 제1항에 따라 임상시험실시기관 또는 생물학적 동등성시험실시기관으로 지정받으려는 자는 그에 필요한 시설, 전문인력 및 기구(機構)를 갖추어야 한다.

 

③ 제1항에 따라 지정된 임상시험실시기관 또는 생물학적 동등성시험실시기관이 임상시험등을 실시하였을 때에는 임상시험성적서 또는 생물학적 동등성시험성적서를 작성・발급하고 그 임상시험등에 관한 기록을 보관하는 등 총리령으로 정하는 사항을 지켜야 한다.

 

 

 

(4) 의약품 등 안전에 관한 규칙

 

 

 

제30조【임상시험의 실시 기준 등】①법 제34조에 따른 임상시험은 다음 각 호의 기준 및 별표4의 의약품 임상시험 관리기준에 따라 실시하여야 한다. (각 호 생략)

 

 

 

【별표4】의약품 임상시험 관리기준(제30조 제1항 관련)

 

 

 

8. 임상시험 의뢰자

 

하. 임상시험용 의약품의 제조, 포장, 표시기재 및 코드화

 

1) 의뢰자는 임상시험용 의약품의 개발단계에 적합한 이화학적 성질을 파악하고, 별표 1의 의약품 제조 및 품질관리기준에 따라 임상시험용 의약품을 제조하여야 하며, 눈가림을 유지할 수 있도록 표시하거나 코드화하여야 한다.

 

2) 의뢰자는 임상시험용 의약품의 적절한 저장방법, 용법, 사용기한 및 유효기한을 정하여 임상시험과 관련한 모든 자에게 알려야 한다.

 

3) 의뢰자는 임상시험용 의약품이 운송이나 저장 과정에서 오염 또는 변질되지 않도록 포장하여야 한다.

 

4) 의뢰자는 눈가림시험을 실시하기 위하여 임상시험용 의약품을 코드화하는 경우에도 응급상황에서 임상시험용 의약품의 종류를 쉽게 알아볼 수 있고 눈가림해제 사실이 드러날 수 있도록 하여야 한다.

 

5) 임상시험 실시 중 임상시험용 의약품의 제형(劑形)이 중대하게 변경된 경우에는 의뢰자는 이러한 변형이 해당 의약품의 약동학적 양상에 중요한 변화를 가져올 것인지를 평가하기 위하여 변형된 의약품에 대한 안정성시험, 용출시험 또는 생체흡수율시험 등과 같은 추가적인 연구결과를 변형된 의약품을 사용하기 전에 확보하여야 한다.

 

거. 임상시험용 의약품의 공급 및 취급

 

1) 의뢰자는 임상시험용의약품을 관리약사등에게 공급하여야 한다.

 

2) 의뢰자는 임상시험 계획서에 대한 식품의약품안전처장 및 심사위원회의 승인(시정승인 또는 보완 후 승인을 포함한다)을 받기 이전에 임상시험용 의약품을 관리약사등에게 공급하여서는 아니 된다.

 

3) 의뢰자는 임상시험용 의약품의 인수・취급・보관 및 조제방법과 미사용 의약품을 대상자로부터 반납받거나 의뢰자에게 반납하는 방법에 관한 지침을 마련하여 시험책임자 및 관리약사에게 주어야 한다.

 

4) 의뢰자는 임상시험용 의약품을 제때에 공급하여야 하며, 임상시험용 의약품의 공급, 인수, 반납 및 폐기에 관한 기록을 작성・보관하여야 한다.

 

5) 의뢰자는 임상시험용 의약품에 문제가 발생하거나 임상시험의 완료(조기종료를 포함한다) 및 임상시험용 의약품의 사용기한 또는 유효기한의 만료 등의 사유로 임상시험용 의약품을 회수해야 하는 경우에 대한 절차를 마련하고 임상시험용 의약품의 회수내용을 기록하여야 한다.

 

6) 의뢰자가 미사용 의약품을 재포장하여 해당 임상시험 또는 다른 임상시험에 사용하려는 경우에는 재포장 및 사용에 대한 절차를 마련하고 미사용 의약품의 재포장 및 사용 내용을 기록하여야 한다.

 

7) 의뢰자는 임상시험용 의약품의 사용기한 또는 유효기한 내 안정성을 보장하고 관련 기록을 보관하여야 한다.

 

8) 이 기준에서 정하지 않은 사항은 관계 법령의 의약품의 제조 및 관리에 관한 규정을 따른다.

 

 

 

다. 사실관계 및 판단

 

 

 

(1) 처분청이 제시한 과세근거 및 청구법인이 제출한 증빙서류 등에서 나타나는 청구법인의 사업개요는 아래와 같다.

 

 

 

(가) 청구법인은 1997.1.15. 설립되어 OOO 소재 OOO가 100%의 지분을 보유하고 있는 외국인투자법인으로, 2016년 12월(조사대상기간 말) 현재 전국에 걸쳐 7개의 수준 높은 의약품 전용 창고ㆍ보관 시설을 보유하고, 국내외 제약사들에게 의약품 유통 및 물류서비스를 제공하고 있는 업체이다.

 

 

 

(나) 2016년 12월 현재 OOO으로 구성되어 있고, 물류사업부 내에 임상의약품 물류사업부가 별도로 편제되어 있으며, 청구법인이 제출한 2018년 8월 기준 임상의약품 물류사업부 인원 명부에 의하면, OOO이 보관 및 운송 관련 업무를, 2명이 품질관리 및 일반사무 업무를 수행하는 것으로 나타나고, 그 외 9명이 고객관리 및 영업관리 등 업무를 수행하는 것으로 나타난다.

 

 

 

(다) 청구법인은 쟁점용역 제공에 대해 매 월말 발생원가에 5.5%에서 8.0% 사이의 금액(이익)을 가산하여 OOO에게 대금(청구수수료)을 청구하고, 그 대금은 외국환은행에서 원화로 수취하였다.

 

 

 

 

 

(라) 의뢰자등이 OOO에게 국내수행 임상시험과 관련하여 대조의약품 용도로 사용할 대조용 일반 의약품 등의 구매를 요청하면 OOO는 청구법인에게 대조용 일반 의약품 등의 구매를 요청하였고, 청구법인은 OOO의 요청에 따라 쟁점의약품등을 OOO가 지정한 국내 의료기관 등에 인도한 후, 매 월말 쟁점용역 거래와는 별도로 대금(쟁점의약품등의 원가에 도매마진율인 7% 또는 보험수가 이익을 가산)을 OOO에게 청구하여 외국환은행에서 원화로 수취하였다.

 

 

 

(2) 임상시험의약품관리서비스계약 상 주요 조항은 아래와 같고, 해당 계약에 따라 청구법인이 제공한다고 주장하는 서비스의 구체적인 내용 및 수행절차는 아래 <표5> 및 <표6>과 같다.

 

 

 

 

 

(3) 청구법인은 쟁점의약품등의 공급이 하나의 계약에 따라 쟁점용역과 함께 이루어지는 것이므로 업종판단 시 이를 함께 고려해야 한다고 주장하고, 처분청은 쟁점의약품등의 공급은 별도의 재화의 공급으로서 용역의 공급인 쟁점용역과는 별개로 판단해야 한다는 의견이며, 청구법인의 연도별 부가가치세 신고 내역은 아래 <표7>과 같다.

 

 

 

(4) 청구법인이 일반의약품 도매업 및 창고업과 관련하여 작성한 계약서의 주요 내용은 아래와 같고, 동 계약서에 의하면 청구법인은 일반 의약품과 관련하여서도 도매서비스와 창고서비스를 일괄 제공하는 계약을 체결하는 것으로 나타나며, 이와 관련하여 처분청은 보관활동과 도매활동을 모두 수행하지만 각각 개별적인 대가를 산정하여 수취하고 재화를 재판매하는 도매활동, 수수료계약에 의하여 물품을 보관하는 보관활동은 명확히 구분되는 산업활동이기 때문에 각각 보관업과 도매업을 영위한다고 보아야 하는 것이고, 청구법인의 논리대로 하나의 계약서에 의해 동일한 고객에게 보관활동과 도매활동을 모두 영위한다고 해서 사업지원서비스라고 본다면 대부분의 업종을 사업지원 서비스업으로 보아야 하는 불합리가 발생한다는 의견이다.

 

 

 

 

 

 

 

(5) 청구법인의 사업자등록증 상 주업종(업종코드)는 ‘도매/의약품, 의료용구, 식품(513311)’이고, 부업종(업종코드)는 ‘도소매/전자상거래(525101), 서비스/일반창고업(630201), 서비스/냉장창고업(630202), 부동산/임대(701201), 서비스/재포장업(749500)’인 것으로 나타난다.

 

 

 

(6) 처분청이 제시한 「문답서」에 의하면, 임상시험 전문인력팀(CTM) 직원은 고객사가 청구법인이 사용하는 DPI 양식 또는 고객사가 사용하는 DPI 양식에 필요 정보를 입력하여 청구법인에게 전달하거나 청구법인이 고객사에게 세부정보를 입력할 것을 요청하여 전달받고 있고, 99.9%가 라벨링작업이며, 키트는 만들어져서 입고되는 경우가 대부분이라는 취지로 진술한 것으로 나타나고, 처분청이 제시한 청구법인의 ‘2012〜2014년 임상의약품 관련 업무명세’에 의하면, 청구법인이 라벨을 부착한 약품의 수는 전체 약품의 9.12% 정도인 것으로 나타난다.

 

 

 

(7) 과세전적부심사 결정서에 의하면 2013년〜2016년 중 전체 쟁점의약품등 OOO이 DPI에 기재되어 공급되었다는 청구주장과 관련하여, 과세전적부심사 과정에서 처분청은 청구법인에게 2013년〜2016년 기간 중 쟁점의약품등 공급OOO이 기재된 DPI를 증빙자료로 제출할 것을 보정 요구하였으나, 청구법인은 7건만을 제출하였고, 그 내용을 살펴보면, OOO에는 1.2항(창고의 책임)의 ‘물품 구매’란에 “YES 라고 기재되어 있고 4항(창고 재고)의 ‘재고의약품목록’에 쟁점의약품등이라고 주장하는 약품명)이 기재되어 있으며, 나머지 6건에는 5항(창고 재고)의 ‘재고의약품목록’에 쟁점의약품등이라고 주장하는 약품명이 기재되어 있는 것으로 나타나고, 2017년〜2018년 기간 중 쟁점의약품등의 공급이 기재되었다고 주장하는(‘재고의약품목록’에 코드명이 아닌 읽을 수 있는 약품명이 기재된) DPI OOO을 추가로 제출한 것으로 나타난다.

 

 

 

(8) 처분청은 쟁점용역의 주된 내용은 ‘보관’과 ‘운송’이며 그와 관련한 부수적인 활동인 기록보관, 회수, 폐기, 적정온도 관리 등은 청구법인의 ‘일반의약품 유통 및 창고업’에서도 동일하게 부수적으로 제공되는 서비스에 불과하다는 의견이고, 이와 관련하여 청구법인의 ‘일반의약품 유통 및 창고업 계약’ 내용을 제시하고 있는바 그 주요 내용은 아래와 같다.

 

 

 

(가) 청구법인의 일반의약품 유통 및 창고업 계약내용에도 보관 및 배송 외에 기록보관, 회수, 폐기 등의 부수적인 서비스를 제공한다는 내용이 확인된다.

 

 

 

(나)청구법인의 일반의약품 유통 및 창고업 계약내용 중 창고업 계약내용에는 일반의약품을 입고시킬 때도 온도의 일탈은 없었는지 등을 확인하고 고객사에게 보고하는 내용이 확인된다.

 

 

 

(9) 2018.8.10. 청구법인 임상팀이 소재한 OOO을 현장확인한바, 일반의약품 보관창고와 임상용의약품 보관창고는 물리적으로 격리되어 있었고, 일반의약품 보관과 임상시험용 의약품 보관 간에는 보관의 형태, 입ㆍ출고 시 검수작업의 경중 등에 있어 차이가 있는 것으로 나타나며, 조사자가 확인한 차이점의 주요 내용은 아래 <표8>과 같다.

 

 

 

(10) 쟁점용역을 공급하는 사업의 업종분류에 대한 양측의 질의 내용 및 통계청의 회신 내용은 아래와 같다.

 

 

 

(가) 청구법인의 질의에 대하여 2017.12.4. 통계청은 각종 물품의 보관설비를 운영하는 것이 주된 산업활동인 경우(물품 보관과 관련하여 분류, 선별 등 물류업무가 부수될 수 있음) ‘5210 보관 및 창고업’으로, 포괄적 계약에 의하여 타인 사업 지원을 위한 특정되지 아니한 각종 서비스를 제공하는 것이 주된 산업활동인 경우 ‘75999 그 외 기타 분류 안 된 사업지원서비스업’으로 분류한다는 취지로 회신한 것으로 나타난다.

 

 

 

(나) 처분청의 질의에 대하여 2017.12.11. 통계청은 수수료 또는 계약에 의하여 임상시험과 관련된 의약품 보관 및 배송이 주된 산업활동인 경우 ‘운수 및 창고업’으로 분류하고, 각종 물품의 보관설비를 운영하는 것이 주된 산업활동인 경우(물품 보관과 관련하여 분류, 선별 등 물류업무가 부수될 수 있음) ‘5210 보관 및 창고업’으로 분류한다는 취지로 회신한 것으로 나타난다.

 

 

 

(11) 한국표준산업분류(제9차 개정, 통계청 고시 제2007-53호)에 의하면, “산업활동”이란 “각 생산단위가 노동, 자본, 원료 등 자원을 투입하여 재화 또는 서비스를 생산 또는 제공하는 일련의 활동 과정”이라 정의되어 있고, 산업분류는 생산단위가 주로 수행하고 있는 산업활동을 그 유사성에 따라 유형화한 것으로 ‘산출물(생산된 재화 또는 제공된 서비스)의 특성’, ‘투입물의 특성’, ‘생산활동의 일반적인 결합형태’ 등과 같은 분류기준에 의하여 분류되며, 생산단위의 산업활동은 일반적으로 주된 산업활동, 부차적 산업활동 및 보조적 활동이 결합되어 복합적으로 이루어지나, 생산단위의 산업활동은 그 생산단위가 수행하는 주된 산업활동(판매 또는 제공되는 재화 및 서비스)의 종류에 따라 결정되는 것으로 나타나고, ‘5210 보관 및 창고업’은 수수료 또는 계약에 의하여 타인 또는 타 사업체의 가구, 자동차, 목재, 가스 및 석유, 화학물질, 섬유, 곡물, 냉동물, 식품 및 농산물 등 각종 물품의 보관설비를 운영하는 산업활동을 말하며, 물품보관과 관련된 분류, 선별 등 물류업무를 수행할 수도 있고, ‘75999 그 외 기타 분류 안 된 사업지원서비스업’은 달리 분류되지 않은 사업지원서비스를 수행하는 산업활동을 말하는 것으로 나타난다.

 

 

 

(12) 기획재정부는 병원 등 의료기관이 공급하는 임상시험용역의 부가가치세 과세 여부에 대하여 「약사법」 제34조의2에 따른 임상시험실시기관이 같은 법 제2조 제15호에 따른 임상시험용역을 의약품 제조업자 등에게 공급하는 경우「부가가치세법」 제26조 제1항 제5호 및 같은 법 시행령 제35조에 따른 의료보건용역의 공급에 해당하지 않으며, 같은 법 시행령 제42조 제2호 및 같은 법 시행규칙 제32조에 따른 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역의 공급에 해당하지 아니하는 것으로 해석(부가가치세제과-236, 2014.3.17.)하였고, 상기 질의회신의 적용시기에 대하여 동 질의회신일(2014.3.17.) 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하여 공급하는 분부터 적용하는 것으로 해석(부가가치세제과-341, 2014.5.13.)한 것으로 나타난다.

 

 

 

(13) 과세 적용시기 결정 관련 기획재정부 보도자료(2014.5.13.)는 임상시험용역의 부가가치세 과세 여부에 대한 국세청 질의에 대해 관련 법령규정을 법리적 관점에서 해석하여 과세대상에 해당하는 것으로 유권해석을 내렸으나, 그간 병원 등 의료기관이 임상시험용역을 계속 면세로 신고해 왔고, 과세관청도 정기조사나 신고에 대한 사후 검증과정에서 한 번도 과세가 이뤄진 사례가 없는 점을 고려해 유권해석일 이후부터 과세하기로 하였다는 내용이다.

 

 

 

(14) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점용역은 임상시험에 필요한 의약품의 관리, 대조의약품 제공, 기록의 보관ㆍ제공과 관련하여 포괄적인 계약에 따라 특정되지 아니한 각종 서비스를 제공한 경우에 해당하므로 사업지원서비스업으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인은 의약품 보관 및 도・소매 등 물류업을 주업으로 하는 자로서, 쟁점용역은 주로 임상의약품의 입고, 보관, 출고, 배송, 회수, 폐기로 이루어지고, 동 용역의 주요한 목적은 임상시험에 사용되는 의약품의 보관과 운송이며, 그 외에 의뢰자등의 요청이 있을 경우 라벨부착작업, 눈가림작업, 키트작업, ‘쟁점의약품등’의 공급 등을 수행하기는 하나, 그러한 부수적인 서비스는 전체 임상의약품 보관량에 비하여 낮은 비율로 이루어지고 있을 뿐만 아니라, 일반적인 의약품 보관 및 창고업이나, 임상시험용 의약품 제조업체들 또한 일반적으로 제공하는 부수 서비스들에 불과한 점, 통계청은 “수수료 또는 계약에 의하여 임상시험과 관련된 의약품 보관 및 배송이 주된 산업활동인 경우 운수 및 창고업으로 분류한다”고 회신한 점, 제대혈보관서비스, 귀중품 운송서비스, 폐기물 처리서비스 등은 의료행위, 경호활동, 폐기물 수집 등이 그 주요 활동으로서, 보관 및 물류가 주된 활동인 쟁점용역과는 차이가 있고, 위험물보관업 등과 비교하여 그 보관 등에 더 엄격한 관리가 필요하다고 보기 어려우므로, 보관 및 운송활동의 관리수준에 따라서 업종을 달리한다고 보기 어려운 점, 청구법인은 쟁점용역계약이 포괄적인 계약이고, 쟁점의약품등의 공급이 쟁점용역에 포함되어야 한다고 주장하나, 쟁점의약품등이 공급된 건은 전체 계약건 중 극히 일부에 불과하여 쟁점의약품등이 쟁점용역에 필수적으로 부수되는 재화로서 공급된 것으로 볼 수 없고, 쟁점의약품등의 공급대가는 쟁점용역의 공급대가와는 별도로 청구・지급되므로 쟁점용역의 공급에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화에도 해당하지 아니하며, 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 용역의 공급에 부수하여 공급된다고도 볼 수 없고, 청구법인은 의약품 도매업자로서 쟁점의약품등의 공급에 대하여 도매업자의 책임을 부담하고 마진을 취하는 것으로 단순 구매대행서비스로 볼 수 없는바, 쟁점의약품등은 청구법인의 의약품 도매업의 일환으로 제공된 것으로 봄이 타당한 점, 열거된 업종에만 영세율이 적용되는 것으로 그 적용범위를 축소하여 보관 및 창고업, 운송업 등에 대한 영세율 적용이 배제된 취지는 국내에서 소비되는 업종에 대하여 영세율을 적용하는 것은 소비지 과세원칙에 맞지 않고, 내ㆍ외국인 차별과세 등의 문제가 있기 때문인바, 보관 및 창고업, 운송업 등 국내에서 소비되는 용역에 대한 영세율의 적용은 엄격하게 제한되어야 하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

 

 

 

(15) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 임상시험용역이 유권해석 이전에도 부가가치세 과세용역에 해당하였으므로 영세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 임상시험용역은 기획재정부의 유권해석일 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하여 공급하는 분부터 과세를 적용하게 된 것(재부가-341, 2014.5.13.)이고, 유권해석일 이전 최초 계약체결 분 임상시험용역에 대해서는 의료기관이 현재까지도 계산서를 발행하고 있는 것으로 확인되는바, 유권해석일 이전에 의료기관이 임상시험용역계약을 체결하여 공급하는 임상시험용역은 「부가가치세법」상 과세사업에 해당하지 아니하는 것으로 봄이 타당한 점, 청구법인의 주장대로 유권해석일 이전부터 임상시험용역이 과세대상이라고 해석하여 임상시험에 사용된 쟁점의약품등에 영세율을 적용한다면, 당초 의료기관이 임상시험용역 매출에 대해 부가가치세 면제로 신고하고 있음을 확인하여 그 용역에 사용된 의약품 등에 영세율 적용을 배제하고 부가가치세 과세표준을 성실하게 신고한 사업자와의 형평성에 문제가 발생할 여지도 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

 

 

 

4. 결 론

 

 

 

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.