[법인세법]병원위틱계약에 따른 법인세신고 과세 여부

안녕하세요

 

 

 

바른세무회계 정 동 호 세무사입니다.

 

 

 

요양병원의 위탁운영계약을 체결후 세무신고에 대한 과세적절성 여부 판례입니다.

 

 

[ 제 목 ]

병원이 당사자능력이 있는지 여부 ​ ​

[ 요 지 ]

도립노인전문요양병원은 시설물에 불과할 뿐 법인이나 법인으로 보는 단체 등에 해당한다고 볼 수 없어 당사자능력이 없으므로 이 사건 소는 부적법함 ​ ​

[ 판결내용 ]

판결 내용은 붙임과 같습니다. ​ ​

 

사 건	2017구합24778 법인세부과처분취소
원 고	AAA도립 BB노인전문요양병원
피 고	BB세무서장
변 론 종 결	2018.11.9.
판 결 선 고	2018.12.5.

 

 

 

주 문

 

1. 이 사건 소를 각하한다.

 

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

 

 

 

청 구 취 지

 

피고가 2017. 2. 1. 원고에게 한 2014 사업연도 법인세 131,022,720원(가산세 포함) 및2015 사업연도 법인세 111,806,880원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

 

 

 

 

 

이 유

 

 

 

1. 기초사실

 

가. AAA도지사는 AAA도립 노인전문요양병원 설치 및 운영 조례(1999. 4. 22. 조례 제2558호)에 따라 1999. 4. 22. BB시 OO면 OO로 OO번지에서 원고 AAA도립 BB노인전문요양병원(이하 ‘원고 병원’이라고 한다)을 설치하였다.

 

나. AAA도지사는 1999. 4. 27. 의료법인 BBCC의료재단(대표자 이사장 DD, 이하 ‘의료재단’이라고만 한다)과 원고 병원의 위탁운영에 관한 계약을 체결하고, 의료재단에 병원의 관리・운영에 관한 사무를 위탁하였다.

 

이에 따라 의료재단은 1999. 5. 10.부터 현재까지 원고 병원을 관리・운영하고 있다.

 

다. 피고는 2016. 11. 24.부터 그해 12. 23.까지 원고 병원에 대한 정기 세무조사를 실시하였다. 그 결과 피고는 2017. 2. 1. 원고에게 원고 병원의 운영으로 인한 수입은 법인세법 제31조 제3항 제1호 및 그 시행령 제2조 제1항에서 정한 비영리 내국법인의 수익사업에서 생기는 소득에 해당한다는 이유로 고유목적사업준비금 설정 한도 초과액을 손금에서 부인하고, 2014 사업연도 법인세 131,022,720원(가산세 포함) 및 2015 사업연도 법인세 111,806,880원(가산세 포함)을 경정・고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

 

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 5. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나,2017. 9. 20. 그 심판청구가 기각되었다.

 

【인정근거】다툼 없는 사실, 변론 전체의 취지

 

2. 원고의 주장

 

아래와 같은 이유로 원고 병원은 AAA도지사가 설치한 의료기관으로서 그 운영수익의 귀속자는 지방자치단체인 AAA도라고 할 것이므로, 피고는 원고에게 법인세법제2조 제3항에 따라 법인세를 부과할 수 없다.

 

① 원고 병원은 AAA도립 노인전문요양병원 설치 및 운영 조례에 따라 AAA도지사가 설치한 노인전문요양병원이다.

 

② AAA도지사는 병원의 운영 방침, 직원과 환자의 수, 요양치료 및 진료서비스의 내용, 병원시설의 관리 등 원고 병원의 운영에 관한 결정권을 보유하고 있다.

 

③ 원고 병원의 토지와 건물의 소유권자는 모두 AAA도이고, 완공된 부동산이나 구입한 의료장비 등 물품은 모두 AAA도의 명의로 등기 또는 등재하여 관리된다.

 

④ 원고 병원은 매 회계연도 종료 후 2월 이내에 AAA도지사가 지정하는 공인회계사가 작성한 결산보고서를 AAA도지사에게 제출한다.

 

그리고 AAA도지사는 병원의 운영이나 업무대행에 필요한 자료의 제출이나 보고를 명하고, 병원의 운영상황, 장부, 기타 관계서류를 조사・검사할 수 있어 사실상 원고 병원을 관리・운영하고 있다.

 

⑤ 원고 병원과 BBCC의료재단은 각각 별도의 독립회계를 구성하여 그 손익을 구분하여 처리하고 있다.

 

⑥ 국세청장은 2011. 5. 20. 과세전적부심사 청구사건에서 원고 병원의 운영으로 인한 수익의 귀속자는 지방자치단체인 AAA도라고 판단하였다.

 

그 이후에 이러한 과세관청의 판단을 변경할만한 법령의 개정이나 다른 특별한 사정변경이 없음에도 피고가 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호의 원칙을 위반하였다.

 

3. 이 사건 소의 적법 여부

 

가. 관계 규정의 내용 및 쟁점의 정리

 

1) 법인세법 제1조 제2호, 제2조 제1항 제1호, 제3항에 의하면, ① “비영리내국법인”이란 내국법인 중 민법 제32조에 따라 설립된 법인, 사립학교법이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주・사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다), 국세기본법 제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체를 말하고, ② 내국법인은 법인세법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있으며, ③ 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.

 

그리고 국세기본법 제13조 제1항, 제2항, 제4항, 제7항에 의하면, ① 법인(법인세법 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 ‘법인 아닌 단체’라고 한다) 중 ㉮ 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것 또는 ㉯ 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인(이하 ‘당연의제법인’이라고 한다)으로 보아 국세기본법과 세법을 적용하고, ②위 ①항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 ㉮사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것, ㉯ 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유・관리할 것, ㉰ 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것의 각 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인(이하 ‘승인의제법인’이라고 한다)으로 보아 국세기본법과 세법을 적용하며, 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 보고, ③ 위 ①항과 ②항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하‘법인으로 보는 단체’라고 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 하며, ④ 법인으로 보는 단체의 신청・승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 

이러한 위임에 따른 국세기본법 시행규칙 제8조 제1항, 제2항에 의하면, ① 국세기본법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인은단체의 명칭, 주사무소의 소재지, 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소, 고유사업, 재산상황, 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정 및 그 밖에 필요한 사항을 적은문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 하고, ② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.

 

한편 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제51조, 제52조에 의하면, ① 행정소송에 관하여 행정소송법에 특별한 규정이 없는 사항에 대하여는 민사소송법의 규정을 준용하고, ② 당사자능력, 소송능력, 소송무능력자의 법정대리와 소송행위에 필요한 권한의 수여는 민사소송법에 특별한 규정이 없으면 민법, 그 밖의 법률에 따르며, ③ 법인이 아닌 사단이나 재단은 대표자 또는 관리인이 있는 경우에는 그 사단이나 재단의 이름으로 당사자가 될 수 있다.

 

2) 원칙적으로 병원은 그 설립자 또는 운영자에 의하여 설립・유지되는 의료시설의 명칭에 지나지 아니하여 그 자체로서는 그 설립자 또는 운영자들과 독립하여 독자적인 존재와 활동을 할 수 있는 법인이 아닌 사단이나 재단에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 1971. 9. 28. 선고 71다424 판결 참조).

 

따라서 원고는 원칙적으로 실체법상 권리능력과 소송법상 당사자능력이 있다고 할 수 없지만, 예외적으로 앞서 본 국세기본법 등 관계 규정에 따라 법인으로 보는 단체에 해당한다면 그 범위 내에서는 조세소송의 당사자능력이 있다고 할 것이다.

 

결국 이 사건의 쟁점은 과연 원고가 국세기본법 제13조 제1항 및 제2항에서 정한 법인으로 보는 단체로서 소송상 당사자능력을 갖추었는지 여부라고 할 것이다.

 

나. 인정사실

 

당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제5, 11, 12호증, 을 제6, 7호증, 을 제8호증의 1,2의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음의 사실을 인정할 수 있다.

 

1) 의료재단은 1992. 3. 26. BB시 OO면 OO로 OO번지에서 의료기관의 설치 운영 등을 영위할 목적으로 설립되어 한방병원을 운영하고 있는 의료법인이다. 그리고 원고 병원은 의료재단이 기부채납한 부지에 AAA도가 병원용 건물을 신축하여 치매 및 노인성질환자의 요양과 진료를 위하여 설치한 노인전문요양병원이다.

 

2) AAA도는 1997. 6. 16. 및 1999. 4. 29. 두 번에 걸쳐 원고 병원의 부지와 건물인 BB시 OO면 OO리 OO-O 대지 8,522㎡ 및 그 대지 외 1필지상의 지하 1층, 지상 5층 규모의 병원 건물(건축면적 2,073.96㎡, 연면적 10,911.8㎡)에 관하여 소유권이전등기 및 소유권보존등기를 하였다. 또한 AAA도는 원고 병원에서 사용하는 의료장비 일체를 소유하고 있다.

 

3) AAA도지사는 1999. 4. 27. 의료재단과 원고 병원의 효율적이고 전문전인 운영을 위하여 의료재단에게 계약일부터 10년간 원고 병원의 재산과 의료장비를 위탁하여 운영하되, 그 사용료는 의료재단이 기부채납한 토지 등의 병원 투자 경비로 갈음하기로 하는 내용으로 관리위탁계약을 체결하였다.

 

이에 따라 의료재단은 1999. 5. 10. 원고 병원의 명의로 사업자등록(업태: 의료업, 종목: 병원, 요양병원)을 개설하고[아울러 그 대표자인 DD는 2004. 2. 18. AAA도지사로부터 원고 병원의 명의로 의료기관(요양병원 입원실 55실, 260병상) 개설 허가를 받았다], 그 무렵부터 원고 병원을 위탁운영하면서 AAA도지사와 체결한 원고 병원에 대한 관리위탁계약을 갱신하여 왔다.

 

4) 위탁자인 AAA도지사와 수탁자인 의료재단이 2016. 5. 3. 체결한 원고 병원의 운영, 관리위탁에 관한 변경계약(갑 제13호증)의 주요 내용은 다음과 같다(이하 이 항에서는 AAA도지사를 ‘도지사’, 의료재단을 ‘재단’이라고만 한다).

 

(생략)

 

5) AAA도지사는 2012. 7. 30. 의료재단에게 공유재산인 원고 병원의 토지와 건물의 사용료로 연 1억 6,700만 원을 부과하였다.

 

이에 불복하여 의료재단은 국민권익위원회에 이의를 제기하였고, 국민권익위원회는2013. 7. 22. 의료재단에게 AAA도지사의 사용료부과처분을 취소하고, AAA도지사에게 이미 납부한 사용료를 반환할 것을 시정권고 한다고 의결하였다.

 

다. 쟁점에 대한 판단

 

1) 위 인정사실과 이 사건 변론에 나타난 다음의 여러 사정을 종합하면, 원고는 법인이 아닌 사단, 재단 또는 그 밖의 단체, 즉 국세기본법 제13조 제1항, 제2항에서 정한 ‘법인 아닌 단체’ 또는 ‘법인으로 보는 단체’에 해당한다고 볼 수 없다.

 

따라서 이 사건 소는 당사자능력이 없는 자가 제기한 것이어서 부적법하다.

 

가) 어떠한 단체의 구성원들이 고유의 목적을 가지고 사단적 성격을 가지는 규약을 만들어 이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관인 대표자를 두는 등의 조직을 갖추고 있고, 구성원의 가입・탈퇴 등으로 인한 변경에 관계없이 단체 그 자체가 존속되며, 그 조직에 의하여 대표의 방법, 총회나 이사회 등의 운영, 재산의 관리 기타 단체로서의 주요사항이 확정되어 있는 경우에는 그 단체는 법인이 아닌 사단으로서의 실체를 가진다(대법원 1992. 7. 10. 선고 92다2431 판결 등 참조).

 

그런데 원고 병원은 AAA도가 설치하고, 의료재단이 관리・운영하는 시설물에 불과할 뿐이지, 그 구성원들이 고유의 목적을 가지고 사단적 성격을 가지는 규약을 만들어 이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관인 대표자를 두는 등의 조직을 갖추었다거나 그 조직에 의하여 단체의사를 결정・행사하는 법인이 아닌 사단으로서의 실체를 가진다고 볼 수 없다.

 

나) 또한 AAA도가 원고 병원의 대지와 건물 및 의료장비 등 일체의 재산을 소유하고 있고, 달리 원고가 자기 명의로 어떠한 기본재산을 소유하고 있음을 인정할만한 아무런 증거자료가 없다.

 

따라서 원고 병원은 법인이 아닌 재단으로서의 실체를 가진다고 인정할 수 없다.

 

다) 비록 원고 병원이 자기 명의로 사업자등록을 개설하고, AAA도지사로부터 의료기관 개설허가(개설자는 DD이다. 을 제6호증 참조)를 받았을 뿐만 아니라 의료재단과는 각각 독립하여 회계처리를 하고, 그 내용이 다른 의료사업을 영위하고 있다고 하더라도, 이러한 사정만으로 원고 병원이 국세기본법 제13조 제1항에서 정한 ‘법인 아닌 단체’로서의 실체를 가진다고 볼 수도 없다.

 

라) 이에 대하여 피고는 원고 병원이 법인이 아닌 사단, 재단에 해당하지 않는다고 하더라도 위와 같은 사정에 비추어 보면, 원고는 국세기본법 제13조 제2항에서 규정한 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하여 당사자능력이 있다고 주장한다.

 

살피건대, 국세기본법 제13조 제2항에서 정한 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하기 위해서는 ① 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있고, ② 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유, 관리하여야 하며, ③ 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니하여야 하고, ④ 위 세 가지 조건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받아야 한다.

 

그러나 원고가 주장하는 위와 같은 사정만으로는 원고가 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유・관리하고 있다거나 인적 또는 물적 결합체인 법인이 아닌 사단, 재단에 준하는 단체로서의 실질을 가지고 있다고 보기 어렵다.

 

그뿐만 아니라 원고 병원의 대표자 또는 관리인이 국세기본법 제13조 제2항 및 그 시행규칙 제8조에서 정한 제반 절차에 따라 관할 세무서장인 피고에게 법인으로 보는 단체로 신청을 하고 그 승인을 받았다고 볼만한 아무런 증거자료도 없다.

 

따라서 원고는 국세기본법 제13조 제2항에서 정한 ‘법인으로 보는 단체’에도 해당하지 아니하므로, 피고의 위 주장은 이유가 없다.

 

마) 운영, 관리위탁계약 제13조 제1항, 제2항에 의하면, 원고 병원의 운영은 독립회계로서 별도 회계 처리하여야 하고, 이익금은 병원 운영 및 시설 재투자에 사용하여야하며, 병원 운영에 따른 제세공과금을 병원 회계에서 부담하여야 한다.

 

이는 수탁자인 의료재단이 운영하는 다른 병원과 원고 병원을 독립회계로서 별도회계 처리함으로써 공공의료기관인 원고 병원의 운영에 대한 공정성과 투명성을 확보하기 위한 것이지, 이로써 병원의 운영으로 인한 종국적인 수익의 귀속주체가 AAA도(원고 주장) 또는 의료재단이 아니라 원고 병원이 된다고 볼 수는 없다.

 

2) 한편 법인은 각 사업연도 소득 등 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다(법인세법 제2조 제1항, 제3조 제1항 참조). 그러므로 법인세의 납세의무자, 즉 과세처분의 상대방이 되려면 그 소득이 귀속되는 법인 또는 법인이 아닌 사단, 재단 등 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하여야 한다.

 

그런데 위에서 본 바와 같이 원고 병원은 민법상 권리능력이 없을 뿐만 아니라 법인세법이나 국세기본법에서 납세의무자로 취급하지 아니하는 단순한 시설물(의료기관)에 불과하다.

 

따라서 이 사건 처분은 그 하자가 중대하고 명백하여 당연무효라고 할 것이다.

 

4. 당사자표시정정의 허용 여부

 

가. 관련 법리

 

소송에 있어서 당사자가 누구인가는 당사자능력, 당사자적격 등에 관한 문제와 직결되는 중요한 사항이므로, 사건을 심리・판결하는 법원으로서는 직권으로 소송당사자가 누구인가를 확정하여 심리를 진행하여야 한다.

 

이때 당사자가 누구인가는 소장에 기재된 표시 및 청구의 내용과 원인 사실 등 소장의 전체 취지를 합리적으로 해석하여 확정하여야 하며, 소장에 표시된 원고에게 당사자능력이 인정되지 않는 경우에는 소장의 전체 취지를 합리적으로 해석한 결과 위 와같이 확정된 당사자와 동일성이 인정되는 범위 내에서 올바른 당사자능력자로 그 표시를 정정하는 것은 허용된다.

 

그리고 소장에 표시된 당사자가 잘못된 경우에는 당사자표시를 정정케 하는 조치를 취함이 없이 바로 소를 각하할 수는 없다(대법원 2011. 3. 10. 선고 2010다99040판결, 대법원 2001. 11. 13. 선고 99두2017 판결 등 참조).

 

나. 쟁점에 대한 판단

 

원고는 2018. 10. 11. 제출한 서면에서 당사자의 표시를 원고 병원에서 의료재단으로 정정하는 내용으로 당사자표시정정 신청을 하였다.

 

그러나 다음의 여러 사정을 종합하면, 비록 원고 병원이 당사자능력이 인정되지 않는다고 하더라도 원고 병원과 당사자능력이 있는 의료재단은 당사자의 동일성이 인정된다고 할 수 없다.

 

따라서 당사자의 표시를 원고 병원에서 의료재단으로 정정하는 것은 부적법하다.

 

1) 법인세법 제70조 및 그 시행령 제109조에 의하면, 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지하여야 한다.

 

그리고 납세고지서에 의하여 과세처분을 함에 있어서 납세의무자의 표시는 ‘납세고지서의 형식적 기재에 따라 객관적으로 판단하여 그 동일성을 식별할 수 있어야’ 할 것이다. 만약 납세고지서상의 납세의무자의 표시가 납세의무자의 동일성을 식별할 수 없을 정도로 불분명한 것이라면 그 납세고지서에 의한 송달은 적법한 납세고지서로서의 효력을 갖지 못한다고 할 것이다(대법원 1993. 4. 27. 선고 92누14083 판결, 대법원2010. 1. 28. 선고 2007두6632 판결 등 참조).

 

그런데 피고는 이 사건 처분을 하면서 납세고지서에 납세의무자를 ‘원고 병원 DD 귀하’라고 분명하게 기재하였으므로, 납세의무확정의 효력은 일단 의료재단이 아니라 원고 병원에 대하여 발생하였다.

 

이에 대하여 피고는 원고 병원이 의료재단과 그 실체가 엄연히 구별되고, 국세기본법 제13조에 따라 독자적인 법인격과 당사자능력이 있다고 주장한다.

 

이러한 납세고지서의 기재나 피고의 응소 태도 등을 종합하면, 이 사건 처분의 상대방은 의료재단이 아니라 원고 병원임이 명백하고, 피고가 납세고지서에서 원고 병원을 납세의무자로 기재한 것이 단순한 업무상 착오나 흠결에 의한 것이라고 볼 수 없다.

 

2) 원고는 제1회 변론기일부터 당초 변론종결일(2018. 7. 18.)까지 원고 병원의 운영 주체는 지방자치단체인 AAA도이므로, 이 사건 처분은 위법하다고 주장하였다.

 

그런데 재판부에서 2018. 8. 13. 이 사건 변론을 재개함과 동시에 원고 병원의 당사자능력 유무에 대하여 쌍방의 의견을 제출하라고 요구하자, 뒤늦게 2018. 10. 11. 당사자표시정정 신청서를 제출하였다.

 

이러한 원고의 변론수행 태도와 달리 원고 병원의 운영 주체를 의료재단이라고 보아 당사자표시정정을 허용하는 것은 그동안 원고의 주장과도 배치될 뿐만 아니라 상대방인 피고에게 예측하지 못한 응소상의 불이익을 줄 우려가 있다.

 

3) 원고는 자기 명의로 2017. 5. 2. 조세심판원에 심판청구를 하여 그해 9. 20. 이에 대한 기각결정을 받았다. 만약 이 사건에서 당사자의 표시를 원고 병원에서 의료재단으로 정정하는 것을 허용할 경우에는 국세(법인세)에 대한 조세소송의 적법요건으로서 필수적 전치절차인 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 않았다는 법적 문제가 발생한다(국세기본법 제56조 제1항 참조).

 

5. 결론

 

그렇다면, 이 사건 소는 어느 모로 보아도 부적법하므로, 주문과 같이 판결한다.